Muzeum mieści się na terenie dawnego lotniska Rakowice-Czyżyny, utworzonego przed I wojną światową przez Austriaków i zlikwidowanego w 1963 r. z powodu rozbudowy Nowej Huty. Dzięki istnieniu Muzeum teren ten cały czas ma funkcję lotniczą.
Zalążkiem Muzeum był powołany w 1963 r. przez Zarząd Główny Aeroklubu PRL Ośrodek Ekspozycji Sprzętu Lotniczego przy Aeroklubie Krakowskim, który zaczął gromadzić swoje eksponaty na nieczynnym już lotnisku Rakowice-Czyżyny. W dniach 23 sierpnia – 12 września 1964 roku zorganizował on wielką wystawę lotniczą z okazji XX-lecia PRL. W 1967 r. Ośrodek został przekształcony w Muzeum Lotnictwa, podległe najpierw Naczelnej Organizacji Technicznej, a od 1971 r. Ministerstwu Komunikacji. Po reformie samorządowej w 1998 r. Muzeum Lotnictwa Polskiego stało się instytucją kultury województwa małopolskiego.
Muzeum gromadzi, restauruje i udostępnia zabytki techniki lotniczej, dba o zachowanie lotniczego charakteru miejsca i prowadzi działalność edukacyjną oraz naukową. Początkowo dysponowało niewielkim skrawkiem terenu nieczynnego lotniska, jednym hangarem, budynkiem administracyjnym i budynkiem dawnej spadochroniarni. W kolejnych latach powiększał się teren zajmowany przez Muzeum, przybyły też kolejne obiekty – dawne garaże 2 Pułku Lotniczego, przekazane na początku lat 90. przez wojsko.
Obecnie Muzeum Lotnictwa Polskiego zajmuje 25,7 ha terenu. Teren ten wpisany jest do rejestru zabytków. Muzeum posiada ponad 250 samolotów, szybowców i śmigłowców i ponad 140 silników lotniczych, a także wiele mniejszych eksponatów, jak uzbrojenie lotnicze, przyrządy pokładowe, mundury i odznaczenia. Ekspozycje mieszczą się zarówno w historycznych, przedwojennych budynkach lotniskowych, które zostały wyremontowane, jak i w budynkach zbudowanych już w okresie powojennym, w czasach działalności Muzeum, a także na terenie otwartym.
1912 – Pojawienie się pierwszych samolotów k.u.k. Luftfahrttruppen na Błoniach Rakowickich
– powstaje obsługujący je Flugpark 7.
21. 07. 1914 – Sformowanie w ramach mobilizacji 7 Kompanii Lotniczej (Fliegerkompanie 7)
w oparciu o Flugpark 7.
31.10. 1918 – Przejęcie lotniska przez żołnierzy narodowości polskiej, służących
w oddziałach austrowęgierskich na lotnisku.
11.05.1919 – Utworzenie Niższej Szkoły Pilotów, w której szkolili się pierwsi piloci w Polsce niepodległej.
11.08.1921 – Sformowanie 2 Pułku Lotniczego.
18.07. 1923 – Otwarcie Cywilnej Stacji Lotniczej – początek lotniczej komunikacji pasażerskiej w Krakowie.
1925 – Oddanie do użytku dwunawowego hangaru betonowego.
01.02. 1928 – Utworzenie Akademickiego Aeroklubu Krakowskiego.
1929 – Oddanie do użytku hangarów stalowo – betonowych 2 Pułku Lotniczego.
Grudzień 1931 – Otwarcie cywilnego portu lotniczego w Czyżynach.
24. 08. 1939 – Rozformowanie 2 Pułku Lotniczego, przebazowanie eskadr bojowych na lotniska polowe.
01.09. 1939 – Nalot niemiecki na lotnisko, podczas którego zostaje uszkodzony obecny Hangar Główny Muzeum.
06.09. 1939 – Wkroczenie Niemców do Krakowa i zajęcie przez nich lotniska.
W okresie okupacji Niemcy intensywnie je wykorzystują i rozbudowują.
Styczeń 1945 – Niemcy wycofują się z lotniska, wysadzając w powietrze hangary
i wiele innych zabudowań. Lotnisko zajmują jednostki lotnictwa sowieckiego.
16. 03. 1945 – Utworzenie Cywilnego Portu Lotniczego w Krakowie
– początek cywilnej komunikacji lotniczej po zakończeniu okupacji niemieckiej.
Styczeń 1946 – Na lotnisku zostaje ulokowany 2 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego.
1953 – Zakończenie odbudowy dwóch hangarów i budowy betonowego pasa startowego
o długości 2006 m, zapoczątkowanej przez Niemców.
07. 1955 – Przebazowanie 2 PLM na nowe lotnisko w Balicach
23.03. 1963 – Zakończenie działania lotniska wojskowego Rakowice-Czyżyny.
Na szczeblu centralnym zapada decyzja o organizacji Muzeum Lotnictwa na jego terenie,
przekazanym przez władze wojskowe Aeroklubowi PRL.
15. 10. 1963 – Zakończenie działania lotniska komunikacyjnego Rakowice-Czyżyny.
19.11. 1963 – Posiedzenie prezydium międzyresortowej Komisji Organizacji
Muzeum Lotnictwa i Budowy Domu Lotnika.
29. 11. 1963 -Posiedzenie Komisji Organizacji Muzeum Lotnictwa, na którym omawiano
organizację wystawy sprzętu lotniczego z okazji 20-lecia PRL na lotnisku Rakowice-Czyżyny.
Na teren nieczynnego lotniska przywożone są historyczne samoloty, w tym również pochodzące
z kolekcji Deutsche Luftfahrtsammlung z Berlina, porzucone przez Niemców w Kuźnicy Czarnkowskiej w 1945 r.
23. 08. 1964 – Otwarcie Wystawy Lotniczej z okazji XX-lecia PRL, zwanej Krakowskim Salonem Lotniczym,
na której prezentowane są 62 statki powietrzne. Organizatorem wystawy jest Krakowski Ośrodek
Ekspozycji Sprzętu Lotniczego, działający przy Aeroklubie Krakowskim. Jego kierownikiem zostaje Marian Markowski.
01.07. 1966 – Ośrodek Ekspozycji Sprzętu Lotniczego otrzymuje nazwę Ośrodek Wiedzy Lotniczej i Astronautycznej.
Nadzór nad nim sprawują Aeroklub PRL i Komitet Nauki i Techniki.
01.01. 1967 – Ośrodek Wiedzy Lotniczej i Astronautycznej zostaje przejęty przez
Naczelną Organizację Techniczną i otrzymuje nazwę Muzeum Lotnictwa.
31.08. 1968 – oficjalne otwarcie Muzeum Lotnictwa, organizacyjnie podlegającemu Muzeum Techniki NOT w Warszawie.
01. 01. 1971 – Muzeum zostaje podporządkowane Ministerstwu Komunikacji
i otrzymuje statut oraz nazwę Muzeum Lotnictwa i Astronautyki.
1991 – Otwarcie ekspozycji silników w dawnym garażu 2 Pułku Lotniczego, przekazanym Muzeum przez wojsko
1992 – Otwarcie nowo zbudowanego hangaru, mieszczącego ekspozycję samolotów z I wojny światowej,
zwanego Małym Hangarem.
1998 – Muzeum Lotnictwa Polskiego staje się instytucją kultury Województwa Małopolskiego.
28.07 2003 – Otwarcie ekspozycji Swego nie znacie – Magazyny Historii w dawnym garażu
2 PL, obok ekspozycji silników. Prezentowane były na niej najstarsze, nieodrestaurowane samoloty.
Sierpień 2003 – Obchody 40-lecia Muzeum, w ramach których ma miejsce pierwsze po wielu latach
lądowanie samolotów na zachowanym fragmencie pasa startowego. Zostaje zarejestrowane
lądowisko Kraków-Czyżyny (EPKC).
26 – 27.06. 2004 – I Małopolski Piknik Lotniczy – pokazy lotnicze na terenie dawnego lotniska Rakowice-Czyżyny.
Stały się one imprezą cykliczną, do 2019 r. odbyło się 15 edycji.
Marzec 2005 – Przekazanie do użytkowania dwóch nowo zbudowanych hangarów łukowych.
03. 05. 2005 r. – Rozpoczęcie na terenie Muzeum działalności Sekcji Lotnictwa Policyjnego Sztabu Policji KWP
w Krakowie w jednym z hangarów łukowych.
26. 06. 2009 – Otwarcie w drugim hangarze łukowym wystawy NATO vs. Układ
z okazji 60-lecia NATO i 10-lecia wstąpienia Polski do NATO
10.09.2010 – Uroczyste otwarcie nowego Gmachu Głównego Muzeum, którego budowa rozpoczęła się w 2008 r.
Mieszczą się w nim pomieszczenia ekspozycyjne, biblioteka, sala konferencyjna, sala kinowa i biura.
27.07. 2014 – Otwarcie ekspozycji Skrzydła Wielkiej Wojny – Małopolska 1914-2014 w zmodernizowanym Małym Hangarze.
16.03. 2021 – Otwarcie ekspozycji Skrzydła i Ludzie XX wieku w zmodernizowanym
Hangarze Głównym, garażach i spadochroniarni.
2023 – Rozpoczęcie budowa nowego hangaru ekspozycyjnego o nazwie HEKSAGON
1967 – 1983 – Marian Markowski
1983 – 1988 – Wacław Kiściński
1988 – 1989 – Michał Mietelski (p.o.)
1989 – 2020 – Krzysztof Radwan
Grudzień 2020 – Sierpień 2021 – Tomasz Krzaczyński (p.o.)
Od sierpnia 2021 – Tomasz Kosecki
